行为治疗的主要理论基础是巴甫洛夫首创的条件反射学习理论，和桑代克、赫尔及斯金纳所创立的操作条件作用的学习理论，以及60年代末期由班杜拉等人提出的社会学习理论(观摩、示范和模仿学习)。因为上述三种学习理论构成了行为治疗的理论(实验)基础，所以有人又把行为疗法称为条件反射疗法或叫学习疗法。 
　　行为治疗的各种方法虽然可以分别属于上述三种原理当中的一种，但它们的共同点是：行为是通过后天的学习获得的，不好的(指不符合社会要求的)、不正常的行为是在不利的环境条什(包括周围的人们)影响下某种不适当学习的结果。通过发现和改变不利的环境条件，采取一定的教育，强化和训练等治疗措施，即后天的有系统的学习过程就可以改变、矫正或治疗人的不良或不正常行为，达到适应环境的目的。 
　　南非的沃尔帕提出的交互抑制疗法即系统脱敏疗法及英国的艾森克提出对抗条件疗法、厌恶疗法基本上是属于应用巴浦洛夫的古典条件反射理论。其中交互抑制及对抗条件法原则上均类似或属于系统脱敏方法。此法主要应用于神经症如各种各样的恐惧症，因为恐惧行为属于不适应环境条件，表现了对自己无益甚至有害的不合理行为，往往是在焦虑的处境中由于错误的或不良的条件作用而产生的泛化性不适应行为；这类行为包含有不自觉的或自主神经系统学习的成份，因而系统脱敏疗法较有效果。 
　　反之，如果是反社会的行为(例如杀人、吸毒、盗窃)和酗酒、吸烟等一类行为，则往往是大脑高级神经过程的自觉的学习结果，对这类行为的治疗或矫正则主要应采用厌恶疗法。类似于痛苦的惩罚疗法。当然，此法的疗效是缓慢的，要多次才能见效。 
　　除了上述疗法和相应的基础外，代币制疗法的理论依据是斯金纳的操作条件作用原理。所以有时又把代币制疗法称为操作条件法，它是应用强化物来操纵人的行为后果的方法。 
　　观摩示范学习疗法的理论根据则是班杜拉的社会学习理论。班杜拉认为，人有复杂的文化背景(指社会条件)，所以人的行为是极为复杂的。这种复杂行为不可能通过经典条件反射及操作条件作用来简单地加以控制或改变，而要通过观摩示范式学习，通过模仿来获得。中国古代的“孟母三迁”就是这种疗法的具体例子，即所谓“近朱者赤，近墨者黑”的道理。 
　　但要记住：观摩示范学习必须要有以下条件相配合：第一，必须引起观摩者的注意，才能使其接受有关的外界刺激加以学习。第二，要将观摩的行为保持在记忆中，以便在一定的情境中加以模仿。第三，要具有言语和动作能力，才能模仿一定的行为。模仿是通过语言作中介(说和教)按一定程序把相应的动作再现出来。第四，要有适当的动机，才会促进学习的效率。最后，当然仍应在动作正确之后加以强化。 
　　此外，班杜拉还指出：观摩模仿要逐步进行，不能过快过急。还指出多方面观摩比单方面观摩效果更好，更能产生效果。示范者和观摩者最好要有些相似之处，例如有才能的女教师和成绩优秀的女生对其他女生有较好的示范作用，其相似之处即都是女性。 
　　由于行为结果来自于特殊的前因，和有机体自身状态的相互作用，因此在行为治疗的临床中都脱离不了实验的成份，特别是人类行为不同于动物行为，尽管有上述三种理论基础，但毕竟人类行为都离不开有亲近温和的人际关系。所以，行为治疗不能忽略医患之间人际关系的作用。 
　　行为治疗的发展证实不能忽视人的内在心理历程，确认人的过去经验对当前行为的影响，并且应承认，行为治疗的最终目标的实现主要还是要靠个案本身自我实现及自我决定其行为的改变。这也就是认知一行为治疗的重要观点：行为治疗要强调个体的认知因素，它的理论基础则是现代认知心理学的原理